概要
ヒトhg19にマップ済みのリード(BAMファイル)からmacsでピークを検出した後、 ヒト遺伝子のTSS前後1,000bpとオーバーラップするピークを出力します。
使用する主なツール: 入力ファイル- BAM File: マップ済みリード(bamファイル)
- Gene List File: 遺伝子リスト(bedファイル)
- Gene ID x Name Table: UCSCの遺伝子IDと遺伝子名のクロスリファレンス表
出力ファイル- macsのレポート(html)
- macsのピーク(wigファイル)
- 検出されたピークと対応する遺伝子(csvファイル)
テスト方法
上記の各入力に対して、以下のファイルをダウンロードしてワークフローを実行します。 ファイルをヒストリーにダウンロードするためには Get Data > Upload File を選択し、 URLテキストボックスに以下のURLを入力して実行します。 - http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/test.bam
- http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/knownGene.bed
- http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/kgXref.tabular
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