ChIP-seq 01

概要

ヒトhg19にマップ済みのリード（BAMファイル）からmacsでピークを検出した後、
ヒト遺伝子のTSS前後1,000bpとオーバーラップするピークを出力します。

使用する主なツール：

入力ファイル

  1. BAM File: マップ済みリード（bamファイル）
  2. Gene List File: 遺伝子リスト（bedファイル）
  3. Gene ID x Name Table: UCSCの遺伝子IDと遺伝子名のクロスリファレンス表

出力ファイル

  • macsのレポート（html）
  • macsのピーク（wigファイル）
  • 検出されたピークと対応する遺伝子（csvファイル）

テスト方法

上記の各入力に対して、以下のファイルをダウンロードしてワークフローを実行します。
ファイルをヒストリーにダウンロードするためには Get Data > Upload File を選択し、
URLテキストボックスに以下のURLを入力して実行します。

  1. http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/test.bam
  2. http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/knownGene.bed
  3. http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/kgXref.tabular