ChIP-seq 01

概要

ヒトhg19にマップ済みのリード(BAMファイル)からmacsでピークを検出した後、
ヒト遺伝子のTSS前後1,000bpとオーバーラップするピークを出力します。

使用する主なツール:

入力ファイル

  1. BAM File: マップ済みリード(bamファイル)
  2. Gene List File: 遺伝子リスト(bedファイル)
  3. Gene ID x Name Table: UCSCの遺伝子IDと遺伝子名のクロスリファレンス表

出力ファイル

  • macsのレポート(html)
  • macsのピーク(wigファイル)
  • 検出されたピークと対応する遺伝子(csvファイル)

テスト方法

上記の各入力に対して、以下のファイルをダウンロードしてワークフローを実行します。
ファイルをヒストリーにダウンロードするためには Get Data > Upload File を選択し、
URLテキストボックスに以下のURLを入力して実行します。

  1. http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/test.bam
  2. http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/knownGene.bed
  3. http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/kgXref.tabular