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概要

スプライスジャンクションを考慮したマッピングを行います。

入力ファイル

シングルエンドの場合：
  • FASTQ File
ペアエンドの場合：
  • FASTQ File（フォワード側）
  • FASTQ File（リバース側）

出力ファイル

  • マッピング情報（txt, bed）
  • マップ済みリード（bam）