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概要

スプライスジャンクションを考慮したマッピングを行います。

入力ファイル

シングルエンドの場合:
  • FASTQ File
ペアエンドの場合:
  • FASTQ File(フォワード側)
  • FASTQ File(リバース側)

出力ファイル

  • マッピング情報(txt, bed)
  • マップ済みリード(bam)